一、克隆病　本病的臨床表現(xiàn)和X線征象與腸結(jié)核極為酷似，有時甚難鑒別，可借助下列幾點協(xié)助診斷：①本病無肺結(jié)核或腸外結(jié)核病史;②病程一般更長，不經(jīng)抗結(jié)核治療可出現(xiàn)間斷緩解;③糞便及其它體液及分泌物檢查無結(jié)核菌;④X線檢查可見病變以回腸末端為主，有多段腸曲受累，并呈節(jié)段性分布;⑤腸梗阻、糞瘺等并發(fā)癥較腸結(jié)核更為多見;⑥切除病變腸段作病理檢查無干酪樣壞死，鏡檢與動物接種均無結(jié)核桿菌。

　　二、右側(cè)結(jié)腸癌　①本病發(fā)病年齡多為40歲以上中老年人;②無長期低熱、盜汗等結(jié)核毒血癥及結(jié)核病史;③病情進行性加重，消瘦、蒼白、無力等全身癥狀明顯;④腹部腫塊開始出現(xiàn)時移動性稍大且無壓痛，但較腸結(jié)核腫塊表面堅硬，結(jié)節(jié)感明顯;⑤X線檢查主要有鋇劑充盈缺損，病變局限，不累及回腸;⑥腸梗阻較早、較多出現(xiàn);⑦纖維結(jié)腸鏡檢可窺見腫瘤，活檢?？纱_診。在臨床上結(jié)腸癌的發(fā)病率較腸結(jié)核為高。

　　三、阿米巴或血吸蟲病性肉芽腫　腸阿米巴或血吸蟲病可形成肉芽腫病變，在鑒別診斷上應注意。該類疾病無結(jié)核病史，膿血便較常見，糞便中發(fā)現(xiàn)有關(guān)的病原體，直腸及結(jié)腸鏡常可證實診斷，相應的特異性治療有效。

　　四、其他疾病　除上述疾病外，腸結(jié)核尚應與下列疾病鑒別：以腹痛、腹瀉為主要表現(xiàn)者應與腹型淋巴瘤、腸放線菌病相鑒別;以急性右下腹劇痛為主要表現(xiàn)者應注意避免誤診為急性闌尾炎;以慢性腹痛牽扯上腹部者易與消化性潰瘍、慢性膽囊炎混淆;有稽留高熱者需排除傷寒。