肛門疣發(fā)病初期，在其發(fā)病部位起一針尖或粟粒大小淡紅色或呈皮膚粘膜色的丘疹。該損害可單個發(fā)生稱單發(fā)性，也可多個同時或先后發(fā)生稱多發(fā)性，隨后損害逐漸向皮膚或粘膜外生長，并逐漸增大、增多，有些損害可相互融合，形成各種大小形狀不同的贅生物或腫物，這就是臨床上見到的顯性肛門疣。肛門疣的顏色大多為紅色、淡紅色，也可呈淡白色到灰白色，也可因損害發(fā)生部位和損害類型而不同。
根據(jù)肛門疣損害的大小與形狀不同，臨床上將其分為多種類型。有學者描述經典肛門疣有3種表現(xiàn)形式：
①高度增生型肛門疣，此型肛門疣損害常常較大、濕潤、呈纖毛狀，常見于男性龜頭和女性陰唇；
②扁平狀肛門疣，此型由許多小的分散的肛門疣損害組成，常為肉色小丘疹，其外形與大的肛門疣損害相同，多發(fā)生于男性龜頭和女性的陰唇及其周圍；
③疣狀肛門疣，此型為邊界清楚的尋常疣外觀，常侵犯外陰等皮膚部位。有學者將肛門疣分為增生型、尋常疣狀、丘疹型和扁平損害4種類型；有些學者將肛門疣分為團塊型和丘疹型兩型，團塊型中又分為外生型(包括菜花型)、內生型(宮頸病灶向內糜爛)、潛伏型和消退型；有些學者將肛門疣分為小疣狀型(顆粒狀或簇狀粟粒型)、扁平斑塊狀型和乳頭或結節(jié)菜花型；有學者分為巨大菜花狀、菜花狀、雞冠狀及顆粒狀4型；有學者分為大菜花型、小菜花型、小疣狀型和顆粒型等。