常規(guī)方法：觸摸法，探針檢查、注入染色劑、灌注雙氧水、介入法低位切開高位乳膠管引流法、雙氧水灌注法。
雙氧水灌注法適應各種瘺、尤其是高位 復雜的。 方法：在喇叭型肛門鏡下在直腸內(nèi)齒線上方塞3到4個干棉球，防止雙氧水流入直腸腔燒妁腸黏膜。將裝有雙氧水的針管接上一細塑料管插入肛簍外口，將外口用紗布適度壓緊，從外口向管道內(nèi)緩慢推注，在肛鏡下可見白色泡沫從內(nèi)口流出。
介入法對復雜性難治性肛瘺診斷也很重要，有以下兩種常用：
碘油檢查面：檢查前清潔腸道，在X線的指引下，從外口緩慢注入造影劑，然后在透視下，從不同位置進行觀察和攝片。
超聲：復雜性難治性肛瘺超聲可以準確的診斷和有效的治療。傳統(tǒng)的外科手術容易形成肛瘺，超聲能準確地確定肛周圍膿腫的部位、大小、輪廓、形態(tài)以及與周圍組織的關系，同時可以確定膿腫是否完全液化，不僅如些，超聲可以準確地確定穿刺部位，進針方向和角度以及深度。從而完全、徹底、干凈地引流。