治療原則：非淋菌性尿道炎確診后，采用廣譜抗生素療法，并且強調要連續(xù)不間斷用藥，要規(guī)則、定量、徹底治療。治療后10-20天復查再次均為陰性，并用臨床癥狀消失為治愈。本病治療時所需的療程較長。
(一)西藥治療
1、目前對四環(huán)素、強力霉素、紅霉素已有不少菌株產生耐藥。新一代合成抗菌藥喹諾酮類，不但對衣原體、支原體有效，對淋球菌也高度敏感。
(1)氟哌酸200mg,3/d 共用14d。
(2)氟嗪酸200mg,2/d共用14d.
(3)環(huán)丙氟哌酸250mg,2/d，共用14d。
2、磺胺、利福平對衣原體有效，對支原體無效。
3、慶大霉素、新霉素、多粘菌素對衣原體無效。
4、鏈霉素、壯觀霉素對衣原體無效，對支原體有效。
5、四環(huán)素0.5g，4/d，共用7d，改0.25g,4/d,共用14d。
6、強力霉素0.1g,2/d，共用7d。
7、紅霉素硬脂酸鹽0.5g，4/d，共有7d。
8、紅霉素琥珀酸乙酯0.8g，4/d，共用7d。
9、美滿霉素0.2g即刻，0.1g，2/d，共用14d。
(二)中藥治療
針對非淋菌性尿道炎的病因、病機，中藥治療藥物應該以清熱解毒，利濕通淋為主，輔以補腎固本，活血化瘀，扶正祛邪，提高機體免疫力為組方之法，如選用道地優(yōu)質中草藥精制而成的銀花泌炎靈片等。主治熱淋下焦?jié)駸嶙C，對尿頻、尿急、尿澀痛、尿短赤、尿淋瀝，尿赤黃、腰痛、腹脹痛等療效顯著。非淋菌性尿道炎泌尿系感染常見致病菌有金葡菌，而由于金葡菌的耐藥率高達62%，使得西藥抗生素以及部分中藥對該菌引起感染的治療束手無策。純天然植物道地取材大復方中成藥，以“清熱解毒之冠”而著稱的道地藥材金銀花為君藥配伍，主要成份共計十味名貴藥材，利用金銀花、半枝蓮、扁蓄、瞿麥、石韋、川木通、車前子、淡竹葉、桑寄生、燈心草的多靶點協(xié)同作用，對金葡菌殺菌活性明顯提高，對金葡菌敏感度及抑菌效果更強。其臨床治療金葡菌引起的非淋菌性尿道炎療效更顯著，作用更穩(wěn)定。
(三)判斷治愈標準
治療結束一周應隨訪復查。治愈標準：
1、臨床癥狀消失1周以上，尿道無分泌物，或分泌物中白紅胞≤4個/100倍顯微鏡。
2、尿液澄清，沉渣鏡檢陰性。
3、尿道(宮頸)標本衣原體、支原體檢查陰性(有條件時)。