潛伏期長短與進入毒素量有關(guān)，可短至數(shù)小時，也可長達十余天，潛伏期愈短，病情愈重。但潛伏期長者也可呈重型，或者輕型起病，后發(fā)展成重型。臨床表現(xiàn)輕重不一，輕者僅輕微不適，無需治療，重者可于24h內(nèi)致死。起病急驟，以中樞神經(jīng)系統(tǒng)癥狀為主，早期有惡心、嘔吐等癥狀，一般B型和E型比A型常見，繼之出現(xiàn)頭昏、頭痛、全身乏力、視力模糊、復(fù)視。當(dāng)膽堿能神經(jīng)的傳遞作用受損，可見便秘、尿潴留及唾液和淚液分泌減少。體檢發(fā)現(xiàn)：精神緊張、上眼瞼下垂、眼外肌運動無力、眼球調(diào)節(jié)功能減退或消失。有些患者瞳孔兩側(cè)不等大、光反應(yīng)遲鈍。重癥者腭、舌、咽、呼吸肌呈對稱性弛緩性輕癱，出現(xiàn)咀嚼困難、吞咽困難、語言困難、呼吸困難等腦神經(jīng)損害。四肢肌肉弛緩性輕癱表現(xiàn)為深腱反射可減弱和消失。但不出現(xiàn)病理反射，肢體癱瘓則較少見，感覺正常，意識清楚。無繼發(fā)感染者體溫正常。肉毒中毒一旦出現(xiàn)癥狀，病情進展迅速，變化明顯，重癥可有呼吸衰竭、心力衰竭，或繼發(fā)肺部感染，若搶救不及時可于2～3天而死亡。經(jīng)過穩(wěn)定期后，逐漸進入恢復(fù)期，大多于6～10天內(nèi)恢復(fù)，長者達1個月以上。一般呼吸、吞咽及語言困難先行緩解，隨后癱瘓肢體的肌肉漸復(fù)原，視覺恢復(fù)較慢，有時需數(shù)月之久。嬰兒肉毒中毒：年齡為4～26周，大多為混合喂養(yǎng)，也有單純母乳喂養(yǎng)，初發(fā)癥狀為便秘、不吃奶、全身弛軟、哭聲低沉、頸軟不能抬頭，繼而出現(xiàn)腦神經(jīng)麻痹。病情進展迅猛，可因呼吸麻痹死亡。也有疴隋較輕者，僅有腹脹，或難以覺察的便秘、乏力。故應(yīng)警惕漏診或誤診。創(chuàng)傷性肉毒中毒：由傷口感染到出現(xiàn)中毒癥狀的潛伏期約10～14天，表現(xiàn)與食物中毒型相同，但無惡心、嘔吐等胃腸道癥狀?？梢杂邪l(fā)熱、毒血癥表現(xiàn)。
根據(jù)特殊飲食史及同餐者發(fā)病情況，結(jié)合臨床表現(xiàn)咽干、便秘、視力模糊和中樞神經(jīng)系統(tǒng)損害等癥狀和體征，一般不難作出診斷，檢出細菌僅能作為輔助依據(jù)，其目的在于通過培養(yǎng)檢出毒素而獲確診。嬰兒肉毒中毒的確診主要依據(jù)檢測患兒糞便中肉毒梭菌或肉毒梭菌毒素，因血中毒素可能已被結(jié)合而不易檢出。創(chuàng)傷性肉毒中毒，主要檢測傷口肉毒梭菌或血清中毒素。

肉毒中毒可能與Guillain-Barré綜合征，腦卒中，蜱媒性麻痹以及由箭毒或顛茄生物堿引起的中毒混淆.肌電圖的檢查對診斷是有幫助的，因為在大多數(shù)患者中能產(chǎn)生對快速重復(fù)性刺激的特征性增強反應(yīng)。早期由于咽干、紅、痛，應(yīng)與咽炎鑒別;嘔吐、腹痛、便秘，應(yīng)與腸梗阻、腸麻痹相鑒別;黏膜干燥、瞳孔擴大應(yīng)與阿托品或曼陀羅中毒相鑒別;還需與河豚或草蕈所致的食物中毒鑒別，這兩種生物性食物中毒亦可產(chǎn)生神經(jīng)麻痹癥狀，但河豚中毒輕者為指端麻木，重者則為四肢癱瘓。明顯無力及癱瘓須與多發(fā)性神經(jīng)炎、重癥肌無力、白喉后神經(jīng)麻痹、脊髓灰質(zhì)炎等相鑒別。