盡管多數(shù)隱球菌感染具有一個自限性，亞急性或慢性過程，但艾滋病病人感染隱球菌則可表現(xiàn)為嚴(yán)重的進(jìn)行性肺炎，伴有急性呼吸困難，其肺部X線征象類似肺孢子蟲感染。彌散性皮膚受累可發(fā)生于任何被感染者，引起膿皰丘疹樣小結(jié)，或潰瘍形成，有時像痤瘡，傳染性軟疣或基底細(xì)胞癌。播散病灶也可發(fā)生在皮下結(jié)節(jié)，長骨末端，關(guān)節(jié)，肝，脾，腎，前列腺及其他組織。典型的受累組織含有膠胨狀的酵母菌囊塊，此乃由隱球菌囊膜多糖堆積而成，但僅有輕微的或無急性炎癥的變化，尤其是位于腦部的病變。
肺部原發(fā)性病變通常無癥狀，呈自限性。具有正常免疫功能的患者，臨床上典型而單一的肺部病變有時可自愈而不發(fā)生播散，甚至不需要進(jìn)行抗真菌治療。肺炎通常引起咳嗽和其他非特異的呼吸道癥狀。在罕見的情況下，可發(fā)生伴有腎乳頭壞死的腎盂腎炎。除皮膚病變外，骨，腹部臟器或其他組織局限性病變幾乎無任何臨床癥狀。
隱球菌性腦炎的癥狀多為腦水腫引起，通常無特異性，包括頭痛，視覺模糊，精神錯亂，抑郁，煩躁不安以及其他行為變化。除眼或面部麻痹外，灶性體征在病程的較晚期時才出現(xiàn)。失明可由腦水腫或視覺傳導(dǎo)束直接受累引起。可有低熱或不發(fā)熱。艾滋病病人可有輕微癥狀或無癥狀，腦脊液除有許多酵母菌外其他參數(shù)可完全正常。但腦脊液蛋白增加和單核細(xì)胞淋巴細(xì)胞增多常見，也可見嗜中性白細(xì)胞顯著增多。葡萄糖常偏低，多數(shù)病例的腦脊液涂片印度墨染色可見成孢酵母菌形成的窄基芽孢。90%以上的腦膜炎病人的腦脊液和/或血清中，可檢測到隱球菌被膜多糖抗原。
隱球菌侵入人體的部位不同，臨床表現(xiàn)亦不相同。
1。皮膚黏膜隱球菌病 10%～15%的隱球菌病患者出現(xiàn)皮膚損害。原發(fā)型較為少見，繼發(fā)型多由系統(tǒng)性感染經(jīng)上行播散而來。
(1)皮膚損害：表現(xiàn)為丘疹、水泡、膿皰、傳染性軟疣樣丘疹、痤瘡樣膿皰;皮下組織腫塊、浸潤性結(jié)節(jié)、膿腫、蜂窩組織炎、水痘樣皮疹、癤腫樣損害、紫斑、疣狀增殖、潰瘍等，無特征性，表面可覆以粘性滲出性薄膜。
(2)黏膜損害：常發(fā)生在軟腭、硬腭、舌扁桃體、牙齦、鼻中隔或咽部、上頜竇等處。由血行播散而來，或自皮膚擴(kuò)展引起。表現(xiàn)為結(jié)節(jié)、肉芽腫或慢性潰瘍等。
2。中樞神經(jīng)系統(tǒng)隱球菌病 隱球菌侵犯中樞神經(jīng)系統(tǒng)最常見，臨床上可分4型。
(1)腦膜炎型：最常見?？沙始毙?、亞急性或慢性過程。表現(xiàn)為腦膜炎的癥狀、體征，起病多較緩。開始可為上呼吸道感染癥狀，輕度頭痛、低熱，體溫波動在37。5℃～38℃。以后頭痛逐漸加重。少數(shù)也可開始即現(xiàn)劇烈頭痛、高熱，伴惡心、嘔吐。腦膜刺激征一般較明顯，錐體束征多較輕且出現(xiàn)較晚。
(2)腦膜腔炎型：除腦膜受累外，尚有腦實(shí)質(zhì)受累，故稱為隱球菌性腦膜腦炎。隱球菌可侵犯大腦、小腦、橋腦或延腦，因腦實(shí)質(zhì)受累部位的不同而有相應(yīng)的腦灶性損害征象性癲癇發(fā)作等。
(3)肉芽腫型：較少見，是新生隱球菌侵犯腦實(shí)質(zhì)后形成的一種炎癥性肉芽腫病變。好發(fā)于大腦、小腦和腦干的脊髓部位。位于腦實(shí)質(zhì)內(nèi)的肉芽腫，可表現(xiàn)為腦部占位性病變的癥狀體征。
(4)囊腫型：由隱球菌刺激腦膜形成囊腫所致。蛛網(wǎng)膜可明顯增厚，蛛網(wǎng)膜腔內(nèi)可形成單個或多個囊腫，囊腫內(nèi)為無色透明的液體，表現(xiàn)為顱內(nèi)占位性病變。
3。肺隱球菌病 肺部是隱球菌侵入的門戶 原發(fā)性肺部感染一般癥狀較輕、約有1/3病例無癥狀，又有自愈傾向。初發(fā)常有上呼吸道感染的癥狀，繼而表現(xiàn)為支氣管肺炎、可有咳嗽、咳痰、胸部隱痛，痰中可有多量菌體。
4。其他部位的隱球菌病 包括骨和關(guān)節(jié)以及前列腺、肝、脾、淋巴結(jié)等組織器官均可累及。但都較為少見，或常伴發(fā)于中樞神經(jīng)系統(tǒng)隱球菌病及肺隱球菌病。
根據(jù)臨床表現(xiàn)，真菌學(xué)檢查—般可確診。對于中樞神經(jīng)系統(tǒng)性隱球菌病，采用膠乳凝集試驗(yàn)等方法檢查隱球菌多糖抗原對早期診斷有較大參考意義。

新形隱球菌較其他病原微生物容易被發(fā)現(xiàn)，腦脊液的墨汁涂片及真菌培養(yǎng)極為重要。鑒于結(jié)核性腦膜炎、腦膿腫、部分治療的化膿性腦膜炎、顱內(nèi)腫瘤、其他真菌體腦膜炎的腦脊液改變均與隱球菌腦膜炎相似，故是鑒別診斷的重點(diǎn)。隱球菌腦膜炎和結(jié)核性腦膜炎及腦腫瘤的鑒別。
皮膚隱球菌病借損害特征、病理及真菌培養(yǎng)而與粉刺、傳染性軟疣、皮膚結(jié)核、孢子絲菌病或惡性腫瘤相鑒別。
2.肺部隱球菌病 應(yīng)與肺炎雙球菌引起的大葉性肺炎、肺結(jié)核及肺念珠菌病、肺曲霉病等肺部感染疾病相鑒別。
3.其他隱球菌病 皮膚隱球菌病應(yīng)與孢子絲菌病、著色芽生菌病及各種慢性潰瘍相鑒別，骨隱球菌病應(yīng)與骨腫瘤相鑒別。隱球菌性敗血癥應(yīng)與細(xì)菌性敗血癥相鑒別。