菌痢的預防應采取綜合措施，重點是切斷傳播途徑，同時做好傳染源的管理。
1.管理傳染源 主要是對急、慢性患者及帶菌者。依靠農(nóng)村合作醫(yī)療站及城市醫(yī)療單位，組織疫情報告，早期發(fā)現(xiàn)患者，特別對輕癥不典型病，進行詳細登記以便及時治療。急性患者應住院或在家中進行隔離、消毒和徹底治療，隔天1次大便培養(yǎng)，連續(xù)2次陰性才可解除隔離。對從事托幼機構(gòu)、飲食食品行業(yè)、食堂炊事人員及自來水廠給水工作人員，必須定期進行大便培養(yǎng)。
2.切斷傳播途徑 做到：“三管一滅”(即抓好飲水、飲食、糞便的管理，滅蠅);“四要三不要”(要徹底消滅蒼蠅，飯前便后要洗手，生吃蔬菜水果要洗燙，得了菌痢要及早報告治療，不喝生水，不吃腐爛不潔的食物，不隨地大小便)。滅蠅要防止滋生地形成，根據(jù)蒼蠅消長的規(guī)律，制定全年的滅蠅措施。要特別注意兒童機構(gòu)及集體單位中菌痢的傳播。必須嚴格貫徹各種衛(wèi)生制度，如對食具、食物、居室、活動場所及兒童玩具的衛(wèi)生制度。經(jīng)常檢查集中供水的水質(zhì)是否合乎衛(wèi)生要求，農(nóng)村中井水和河水的水質(zhì)應特別予以注意。實踐證明，除四害、講衛(wèi)生、凈化環(huán)境是切斷傳播途徑的有效措施。
3.保護易感人群 近年來主要采用口服活菌苗，一般采用三種菌苗：①自然無毒株;②有毒或無毒痢疾桿菌與大腸桿菌雜交的菌株;③變異菌株。目前國內(nèi)主要采用變異菌株，即使用依鏈株制備疫苗(在含鏈霉素的培養(yǎng)基上才能生長繁殖的變異無毒株)。我國試制的單價或雙價疫苗在36個現(xiàn)場進行了數(shù)萬人次的觀察。證明有較好的效果，保護率為66.41%～99.47%。活菌苗主要通過刺激腸道產(chǎn)生分泌性IgA及細胞免疫而獲得免疫性，免疫期可維持6～12個月，少數(shù)人服用后可出現(xiàn)腹瀉。由于志賀菌屬免疫有型的特異性，有時出現(xiàn)不同于所用菌苗的菌型流行，則無保護作用。有些地區(qū)在流行過程中，因地制宜，采用中草藥預防，如大蒜、馬齒莧等口服，也有一定效果。
4.操作食品前應徹底洗手.臟衣和床單應放在帶蓋的桶內(nèi)用肥皂水浸泡然后再煮沸消毒.房屋應使用蚊帳紗和屏障.對病人和帶菌者應采取相應的隔離措施(特別是對糞便的隔離).一種口服活疫苗正在開發(fā),在流行區(qū)的現(xiàn)場試驗表明前景看好,但免疫性一般是型特異的.
5.個人衛(wèi)生方面，喝開水不喝生水，最好使用壓水井水，用消毒過的水洗瓜果蔬菜和碗筷及漱口;飯前便后要洗手，不要隨地大便;吃熟食不吃涼拌菜，剩飯菜要加熱后吃;做到生熟分開，防止蒼蠅叮爬食物;最好不要參加大型聚餐活動，如婚喪娶嫁等;得病后要及時就醫(yī)治療。