手術是皮脂腺囊腫唯一的治療方法。手術中可在與囊腫相連的皮膚，尤其是見到導管開口時，沿著皮紋方向設計梭形的皮膚切口，連同囊腫一起摘除。分離時應特別小心，囊壁很薄，應當盡量完整地摘除。如果殘留囊壁，則易于復發(fā)。如果術前有紅腫熱痛等炎癥表現(xiàn)，則應首先控制炎癥，后期再安排手術。
(一)治療
一般常不需治療。在繼發(fā)感染或病損時應尋求治療。
1.繼發(fā)感染 出境可應用抗菌藥物;有膿腫形成者，尚應做切開引流。
2.病損 可予手術切除。
(1)手術時應在與囊腫粘連的皮膚部位及其導管開口處作一梭形切口，連同囊腫一并摘除，方向應順皮紋方向順行。如已并發(fā)感染，在四周組織發(fā)生粘連時，手術時應徹底完整地摘除囊腫。囊壁較薄，極易破碎，最好應完整地摘出，否則殘留囊壁組織，易招致囊腫復發(fā)。
(2)內鏡手術進行皮下囊腫的摘除，可避免出現(xiàn)手術切口瘢痕，是近年來科技發(fā)展的一項新手術方法。
(二)預后
少數(shù)皮脂囊腫可發(fā)生癌變，多數(shù)轉化為基底細胞癌，少數(shù)則成為鱗癌。