1、從新鮮糞便標本中查到吞噬有紅細胞的滋養(yǎng)體，或從腸壁活檢組織中查到滋養(yǎng)體是本病確診的可靠依據(jù)。
2、從糞便標本中僅查到1-4個核包囊或腸腔型滋養(yǎng)體，應(yīng)報告為溶組織內(nèi)阿米巴、迪斯帕內(nèi)阿米巴感染。此時即使患者有癥狀，亦不能據(jù)此得出腸阿米巴病的診斷，應(yīng)根據(jù)流行病學史、血清抗體檢測、糞抗原檢測或PCR檢測證實感染蟲株確屬溶組織內(nèi)阿米巴后，診斷才能確立。否則必須尋找引起腹瀉的其他原因。
3、在有癥狀患者的血清中若能查到高滴度的阿米巴抗體，亦是本病診斷的有力證據(jù)。

1，血吸蟲病 有疫水接觸史，肝脾大，血嗜酸性粒細胞增高，大便毛蚴孵化，直腸黏膜活檢蟲卵及環(huán)卵沉淀試驗或循環(huán)抗原檢測等陽性可資鑒別。
2，結(jié)腸癌 一般年齡較大，排便習慣改變并有不暢感，糞便變細且含血液，有漸進性腹脹，肛指檢查，X線鋇劑，結(jié)腸鏡檢查等有助于鑒別。
3，非特異性潰瘍性結(jié)腸炎 左側(cè)痙攣性疼痛，內(nèi)鏡檢查可見結(jié)腸黏膜廣泛充血，水腫，潰瘍多而易出血，多次病原體檢查陰性，血清免疫學試驗阿米巴抗體陰性，抗阿米巴診斷性治療無效等可作出診斷。