據進食可疑食物、共食者集體發(fā)病和臨床表現等可作出初步診斷。變形桿菌食物中毒可能由于食品中所含菌型的不同、數量多少、代謝產物的不同，而出現不同的癥狀。常見有胃腸炎型和過敏型，或同一病人兩者均有。
1.胃腸炎型 潛伏期3～20h，起病急驟、惡心、嘔吐、腹痛、腹瀉，腹瀉為水樣、帶黏液、惡臭、無膿血，一天數次至十余次。有1/3～1/2患者胃腸道癥狀之后，發(fā)熱伴有畏寒，持續(xù)數小時后下降。嚴重者有脫水或休克。
2.過敏型 潛伏期1/2～2h，表現為全身充血、顏面潮紅、酒醉貌、周身癢感，胃腸癥狀輕。少數患者可出現蕁麻疹。
由于變形桿菌可寄生在正常人腸道，食物也可被變形桿菌污染。故凡疑變形桿菌中毒時，應取可疑食物、嘔吐物和糞便作細菌培養(yǎng)，可分離出同型變形桿菌。分離出的變形桿菌，必須作血凝試驗，才能確認。普通變形桿菌對OX19，奇異變形桿菌對OXK的凝集效價應在4倍以上增長者，才能肯定診斷。如作間接血凝試驗，靈敏度可提高2～16倍。近年來應用變形桿菌對尿素(urea)、苯丙氨酸(phenylalanine)、硫化氫(hydrogen sulfide)的生化特性建立了快速同步定性定量檢測方法-UPS法。正確鑒定率為100%，靈敏度是以往蔓延生長觀察法的100倍，報告時間由以往4～15天減少至4～24h。且精密度高、特異性強，不受檢樣種類和其他因素的影響。

據進食可疑食物、共食者集體發(fā)病和臨床表現等可作出初步診斷。糞便培養(yǎng)可檢得變形桿菌。血清凝集抗體有助于診斷。本病需與霍亂及副霍亂、急性細菌性痢疾、病毒性胃腸炎、非細菌性食物中毒等疾病相鑒別。