本病的臨床表現(xiàn)多樣化。感染了本病毒后，表現(xiàn)可以從無癥狀感染、流感樣全身性疾患、腦膜腦炎以至于嚴重的腦膜腦炎。但各型之間沒有截然的分界線。不同的臨床表現(xiàn)是否與不同的病毒株有關(guān)，目前尚未能肯定。
流感樣全身癥狀是最常見的臨床表現(xiàn)。潛伏期一般為8～12天。起病急，發(fā)熱可高達39.5℃，伴有背痛、頭痛、全身肌肉酸痛。有些患者出現(xiàn)咽痛、咳嗽與其他上呼吸道感染的癥狀。少數(shù)還可有皮疹、淋巴結(jié)腫大與壓痛、惡心、嘔吐與腹瀉等表現(xiàn)。病程一般在2周左右。部分患者，經(jīng)過一段間歇后，可有第二次，甚至偶爾有第三次類似的發(fā)作，但癥狀常較輕，持續(xù)時間較短。多數(shù)患者逐漸恢復(fù)，有些則發(fā)展到腦膜炎。
腦膜炎患者起病時可先有流感樣全身性癥狀，也可以一開始就以頭痛、頸硬、嘔吐、腰背肌肉痛等腦膜刺激征為主要特征，但病情不如化膿性腦膜炎嚴重。腦脊液檢查符合淋巴細胞性腦膜炎的特征。病程一般持續(xù)1～2周。腦脊液的改變較癥狀恢復(fù)稍遲。
偶爾病變波及腦脊髓實質(zhì)，出現(xiàn)腦膜腦炎的表現(xiàn)。病者可有個性改變、譫妄、嗜睡，甚至昏迷，亦可有腦神經(jīng)與外周神經(jīng)的感覺喪失與運動障礙、腱反射的改變等。個別嚴重者可致死。
只具有流感樣全身癥狀的患者，由于臨床上缺乏腦膜炎表現(xiàn)，沒有指征做腰椎穿刺，診斷只能依靠流行病學(xué)資料的提示，以及病毒血清學(xué)診斷證據(jù)。此類患者腦脊液檢查可出現(xiàn)異常。
有腦膜炎表現(xiàn)的患者，腦脊液檢查有一定幫助。腦脊液中的細胞數(shù)增加(即使在病程早期，仍以淋巴細胞占絕大多數(shù))，糖含量稍低，對診斷本病有一定提示。但是，腦脊液改變也是非特異性的，難以與其他原因的淋巴細胞性腦膜炎鑒別。
患者確診需要有病毒分離或血清抗體檢測的證據(jù)。急性發(fā)熱期可從患者血液或腦脊液中分離到淋巴細胞性脈絡(luò)叢腦膜炎病毒。急性期與恢復(fù)期雙份血清檢測病毒抗體，有助于鑒定急性感染。免疫熒光技術(shù)在病程早期便可檢出抗體，是一種快速而靈敏的診斷方法。在僅有單份血清標本的情況下，高效價的補體結(jié)合抗體可能是近期感染的指征。由于中和抗體可在血清中持續(xù)存在多年，僅有中和抗體陽性，不足以確定本病的診斷。

主要考慮其他原因所致的淋巴細胞性(無菌性、病毒性)腦膜炎，如流行性腮腺炎病毒、風(fēng)疹病毒、腸道病毒及其他病毒引起的腦膜炎。有時亦應(yīng)與結(jié)核性腦膜炎相鑒別。