洋蔥假單胞菌肺炎有3類臨床表現(xiàn)：
①長期無癥狀帶菌。
②數(shù)月內(nèi)進行性惡化，反復高熱，體重進行性減輕，反復住院。
③急劇致命的病情惡化，短期內(nèi)死亡。女性病人臨床癥狀常較男性嚴重且預后更差。典型的臨床過程為嚴重細菌感染，表現(xiàn)為反復或持續(xù)的高熱，進行性消瘦，肺功能急劇下降，常合并其他嚴重疾病(如惡性腫瘤、囊性纖維化)。少數(shù)病人可能有菌血癥。洋蔥假單胞菌性肺炎患者肺功能下降比銅綠假單胞菌性肺炎嚴重。
在免疫功能嚴重受損和(或)囊性纖維化病人，反復或持續(xù)高熱，進行性體重減輕，肺功能急劇下降，胸部X線表現(xiàn)為肺實質(zhì)浸潤，痰培養(yǎng)連續(xù)2次以上陽性(培養(yǎng)基上僅有或主要為洋蔥假單胞菌)，即可診斷為洋蔥假單胞菌肺炎。支氣管肺泡灌洗液培養(yǎng)陽性亦有助于診斷。

該病主要與銅綠假單胞菌肺炎鑒別，主要依靠痰培養(yǎng)結果。有時為兩種細菌合并感染。銅綠假單胞菌肺炎合并菌血癥罕見。