非結(jié)核分枝桿菌可引起肺部和肺外病變，臨床表現(xiàn)不一。非結(jié)核分枝桿菌肺病臨床表現(xiàn)酷似肺結(jié)核，多數(shù)病人起病較緩，有咳嗽、咳痰、痰血、低熱、消瘦和乏力等。亦可無明顯癥狀或僅略有咳嗽、咳痰，而由肺部X線檢查發(fā)現(xiàn)病變。亦可有高熱、畏寒、咳嗽、胸痛，類似肺部急性感染。部分人因合并其他肺部病變，如慢性阻塞性肺病，支氣管擴(kuò)張癥，囊性纖維化、肺結(jié)核、肺塵埃沉著病，或合并全身疾病，如糖尿病，或因長期使用糖皮質(zhì)激素類藥物，以致臨床表現(xiàn)互相混淆，不易辨別、HIV感染及AIDS患者并發(fā)非結(jié)核分枝桿菌肺病或播散性非結(jié)核分枝桿菌病臨床表現(xiàn)更不典型。
非結(jié)核分枝桿菌肺外病變包括：淋巴結(jié)炎，皮膚軟組織感染，骨關(guān)節(jié)病變、生殖系統(tǒng)、消化系統(tǒng)和神經(jīng)系統(tǒng)病變，及全身播散性病變。
非結(jié)核分枝桿菌肺病的診斷需結(jié)合接觸史，易感性，基礎(chǔ)疾病，臨床表現(xiàn)，胸部X線表現(xiàn)，病原菌檢查，甚至病理組織學(xué)檢查，作綜合判斷。
1.胸部X線檢查 胸部X線平片常顯示單、雙側(cè)上肺野纖維結(jié)節(jié)狀陰影，當(dāng)病情進(jìn)展時病灶擴(kuò)大融合，且邊界模糊，并出現(xiàn)薄壁空洞，空洞周圍浸潤及播散病灶較少，慢性空洞呈厚壁和蜂窩狀影，兩肺下葉尖段病灶亦常見。糖尿病及其他免疫抑制者常表現(xiàn)為中、下野小結(jié)節(jié)狀病灶，較少見胸腔積液，高分辨度胸部CT掃描能更清晰顯示肺部病灶，以及伴隨的多發(fā)性支氣管擴(kuò)張。
2.細(xì)菌學(xué)檢查 痰和支氣管肺泡灌洗液涂片和培養(yǎng)為最常見的檢查方法，涂片抗酸染色(Ziehl-Neelsen)陽性，但檢出率低，且不能與結(jié)核分枝桿菌作鑒別。需作培養(yǎng)和生化檢查如煙酸試驗(yàn)、過氧化氫酶試驗(yàn)和芳香硫酸酯酶活性等。
但檢驗(yàn)費(fèi)時，不能及早得到檢驗(yàn)結(jié)果，近年有一些快速培養(yǎng)和菌型鑒定方法已有臨床應(yīng)用，例如BACTEC液體放射核素培養(yǎng)基結(jié)合核酸探針，可以顯著節(jié)省檢測時間，對常見的鳥復(fù)合分枝桿菌、堪薩斯分枝桿菌等能提供迅速、準(zhǔn)確的診斷，但由于基因的異質(zhì)性，因此對某些結(jié)核分枝桿菌檢測的敏感性不高，非結(jié)核分枝桿菌對常用抗結(jié)核藥物的耐藥發(fā)生率高，因此應(yīng)作耐藥性測定。
由于非結(jié)核分枝桿菌肺病臨床表現(xiàn)往往與肺結(jié)核相混淆，影響診斷和治療，因此“肺結(jié)核"患者有下列情況時，在進(jìn)行抗結(jié)核藥物治療的同時，應(yīng)作非結(jié)核分枝桿菌檢查。
(1)痰培養(yǎng)陽性，但菌落形態(tài)及發(fā)生情況與人型結(jié)核桿菌不符。
(2)初治患者首次分離出分枝桿菌對一、二線抗結(jié)核藥物耐藥。
(3)患者經(jīng)用各種抗結(jié)核藥物治療無效，痰菌持續(xù)陽性。
(4)新發(fā)現(xiàn)肺結(jié)核病患者，病變廣泛有空洞而癥狀輕微，經(jīng)正規(guī)化療3～6個月仍排菌，或無空洞的浸潤病變，經(jīng)正規(guī)化療6個月以上仍排菌者。
(5)伴有免疫缺陷的肺病患者，如糖尿病、硅沉著病、長期使用免疫抑制劑及HIV/AIDS患者。
(6)痰中發(fā)現(xiàn)抗酸桿菌，而臨床表現(xiàn)與肺結(jié)核不相符者。
3.非典型(非結(jié)核)分枝桿菌肺病診斷試行方案(中華醫(yī)學(xué)會結(jié)核病科學(xué)會，1988年)
(1)胸片：有異常陰影，病變常與排菌有平行關(guān)系，且已除外肺結(jié)核感染者。
(2)細(xì)菌檢查：
①新發(fā)現(xiàn)病例1個月內(nèi)3次培養(yǎng)中2次有同一病原性分枝桿菌。
②慢性肺部病變患者6個月內(nèi)每月作1次痰培養(yǎng)，3次以上證明為同一種病原性分枝桿菌。
③在經(jīng)滅菌消毒的穿刺物、活檢、手術(shù)標(biāo)本、活檢肺病灶中發(fā)現(xiàn)的非結(jié)核分枝桿菌，而無其他致病菌者(注：診斷為細(xì)胞內(nèi)分枝桿菌感染，痰培養(yǎng)菌落至少有1次在100以上)。
4.非結(jié)核分枝桿菌病的診斷標(biāo)準(zhǔn)(美國胸病學(xué)會，1997)
(1)臨床標(biāo)準(zhǔn)：
①臨床癥狀、體征：常見咳嗽、疲乏，病情較重者有發(fā)熱，體重減輕，咯血和氣促，有基礎(chǔ)病者臨床癥狀惡化。
②排除其他疾病：如結(jié)核，腫瘤，組織胞漿菌病。
(2)X線標(biāo)準(zhǔn)：
①浸潤性病灶，伴有或不伴有結(jié)節(jié)性病灶(持續(xù)≥2個月，或有進(jìn)展);空洞性病變;單個或多個結(jié)節(jié)。
②HRCT示多個小結(jié)節(jié)或多灶性支氣管擴(kuò)張有或不伴有肺部小結(jié)節(jié)。
(3)細(xì)菌學(xué)標(biāo)準(zhǔn)：
①1年內(nèi)至少有3份痰或支氣管灌洗標(biāo)本，其中3次培養(yǎng)陽性，而AFB涂片陰性，或2次培養(yǎng)陽性，1次AFB涂片陽性。
②若僅得到1份支氣管灌洗標(biāo)本，未能得到痰標(biāo)本，培養(yǎng)陽性，同時涂片陽性達(dá)? 。
③若痰或支氣管灌洗液標(biāo)本提示未能確診或未排除其他疾病，經(jīng)支氣管活檢或肺活檢做細(xì)菌培養(yǎng)及組織病理學(xué)檢查得到陽性結(jié)果。
HIV血清實(shí)驗(yàn)陰性患者發(fā)病的危險(xiǎn)因素包括：局部免疫抑制，如酒精中毒，支氣管擴(kuò)張，發(fā)紺性心臟病，囊性纖維化，肺纖維化，吸煙及慢性阻塞性肺病。全身嚴(yán)重免疫抑制，如白血病，淋巴瘤，器官移植和其他免疫抑制劑治療，HIV血清試驗(yàn)陽性，CD4<200。

非結(jié)核分枝桿菌肺病主要與肺結(jié)核鑒別。
若肺部陰影呈結(jié)節(jié)狀或球形，應(yīng)與肺部良惡性腫瘤相鑒別。