60%患者呈無癥狀的亞臨床經(jīng)過，僅在球孢子菌皮試檢查時發(fā)現(xiàn)。40%的患者臨床表現(xiàn)各異，主要有以下類型：
1.原發(fā)性肺球孢子菌病 感染10～16天后出現(xiàn)流感樣癥狀，干咳、偶有血絲痰。常有胸痛。胸部體征常陰性，20%患者有結(jié)膜炎，變形性紅斑、結(jié)節(jié)性紅斑等過敏性皮膚損害。可伴有多發(fā)性漿膜炎(胸膜炎、心包炎、關(guān)節(jié)炎)。病程呈自限性，6～8周內(nèi)癥狀可消退。感染初期易發(fā)生臨床的真菌血癥，但引起肺外破壞性病變的甚少，主要見于皮膚、關(guān)節(jié)、骨骼和腦膜。
X線表現(xiàn)為肺門淋巴結(jié)腫大，胸膜反應(yīng)和胸腔積液。肺內(nèi)結(jié)節(jié)病灶起病6～8周內(nèi)可消退。極少殘留肺部異常，常見的為肺球孢子菌結(jié)節(jié)及空洞。
2.慢性進行性球孢子菌肺炎 在原發(fā)感染8周以后，肺部病灶持續(xù)存在，且病變逐漸惡化。表現(xiàn)為持續(xù)低熱、咳嗽、厭食、體重下降，部分患者有咯血。病程緩慢而長，可達數(shù)月至數(shù)年。
X線表現(xiàn)為肺段或肺葉的浸潤陰影，多發(fā)性空洞和纖維結(jié)節(jié)病灶。多數(shù)空洞為2～4cm，少數(shù)為大空洞(>6cm)，典型的為薄壁，周圍無明顯炎癥浸潤，以兩上肺多見。球孢子菌性結(jié)節(jié)通常無鈣化，倍增時間為1年以上。
3.粟粒樣肺球孢子菌病 此型為原發(fā)性肺球孢子菌病的嚴重合并癥，病原菌經(jīng)血行播散至全肺野及肺外其他臟器。常在原發(fā)性肺孢子菌病程早期出現(xiàn)，亦可為慢性進行性的晚期并發(fā)癥，如發(fā)于免疫抑制者和有嚴重基礎(chǔ)病和易感種族，臨床及X線表現(xiàn)酷似粟粒性肺結(jié)核。免疫受損的宿主，可迅速發(fā)展為呼吸衰竭。血源播散可累及皮膚、關(guān)節(jié)、淋巴結(jié)、腦膜、肝脾等臟器。
在流行區(qū)域，有呼吸道感染者應(yīng)懷疑本病，常規(guī)行球孢子菌素試驗。根據(jù)流行區(qū)域接觸史、臨床表現(xiàn)和X線特征，免疫學(xué)檢查可診斷，涂片或培養(yǎng)找到肺球孢子菌特有的球體可確診。

本病應(yīng)與支氣管炎、肺炎、肺結(jié)核、肺腫瘤等鑒別。