MSA發(fā)病年齡多在中年或老年前期(32～74歲)，其中90%在40～64歲明顯早于特發(fā)性帕金森病，病程3～9年。
臨床有三大主征：即小腦癥狀、錐體外系癥狀、自主神經(jīng)癥狀。其中89%出現(xiàn)帕金森綜合征;78%出現(xiàn)自主神經(jīng)功能衰竭;50%出現(xiàn)小腦性共濟失調(diào)。最常見的組合為帕金森綜合征并自主神經(jīng)功能衰竭或小腦性共濟失調(diào)并自主神經(jīng)功能衰竭。此外，相當(dāng)部分可有錐體束征、腦干損害(眼外肌癱瘓)、認知功能障礙等。
臨床特點為：
1.隱性起病，緩慢進展，逐漸加重。
2.由單一系統(tǒng)向多系統(tǒng)發(fā)展，各組癥狀可先后出現(xiàn)，有互相重疊和組合。
SND和OPCA較易演變?yōu)镸SA。徐肖翔報道首發(fā)癥狀出現(xiàn)后平均3年相繼出現(xiàn)神經(jīng)系統(tǒng)其他部位受侵的臨床癥狀，比較其損害程度：自主神經(jīng)癥狀SDS>OPCA>SND，小腦癥狀OPCA>SDS>SND，錐體外系癥狀SND>SDS>OPCA，錐體束征SND≥SDS>OPCA，腦干損害OPCA>SDS。
3.臨床表現(xiàn)與病理學(xué)所見相分離，病理所見病變累及范圍往往較臨床所見為廣，這種分離現(xiàn)象除復(fù)雜的代償機制外，還可能與臨床檢查粗疏或臨床表現(xiàn)滯后于病理損害有關(guān)。
在一組188例病理證實的MSA患者中，28%患者同時存在小腦、錐體外系、自主神經(jīng)系統(tǒng)和錐體系四種體征;另有29%患者同時有帕金森綜合征、自主神經(jīng)功能受損征及小腦征或錐體束征三種體征;11%患者有帕金森綜合征和自主神經(jīng)受損征;10%患者僅表現(xiàn)為帕金森綜合征。
Sakakibara對121例MSA患者(OPCA 48例，SND l7例，SDS 56例)進行問卷調(diào)查，結(jié)果顯示MSA患者泌尿系統(tǒng)癥狀(96%)明顯常見于直立性低血壓癥狀(43%)(P<0.01)，尤其是OPCA及SND。53例患者泌尿及直立性低血壓癥狀均有，首發(fā)癥狀為泌尿系統(tǒng)的占48%，較以直立性低血壓為首發(fā)癥狀的(29%)更常見，23%的患者同時出現(xiàn)兩種癥狀。由此作者得出結(jié)論：MSA患者泌尿系統(tǒng)功能障礙較直立性低血壓更常見，且常較早出現(xiàn)。
由于該病發(fā)病率和患病率均較低，疾病的病程中以神經(jīng)系統(tǒng)不同部位受累的臨床表現(xiàn)為首發(fā)癥狀，經(jīng)常以某一系統(tǒng)損害為突出表現(xiàn)，其他系統(tǒng)損害的臨床癥狀相對較輕，或者到晚期才出現(xiàn)，使早期明確臨床診斷比較困難。
1999年美國密執(zhí)根大學(xué)Gilman等提出了MSA的4組臨床特征和診斷標準
1.臨床特征
(1)自主神經(jīng)功能衰竭和(或)排尿功能障礙。
(2)帕金森綜合征。
(3)小腦性共濟失調(diào)。
(4)皮質(zhì)脊髓功能障礙。
2.診斷標準
(1)可能MSA：第1個臨床特征加上2個其他特征。
(2)很可能MSA：1個臨床特征加上對多巴胺反應(yīng)不佳的帕金森綜合征或小腦性共濟失調(diào)。
(3)確診MSA：神經(jīng)病理檢查證實。

如與其他變性病有疊加，注意鑒別。
1.直立性低血壓 當(dāng)人體處于直立體位時，由于調(diào)節(jié)和維持正常血壓的神經(jīng)或心血管系統(tǒng)功能障礙，無法使血壓隨體位發(fā)生相應(yīng)的變化所出現(xiàn)的低血壓狀態(tài)。臨床特征：血壓在直立后7min內(nèi)突然下降，大于15mmHg，伴有腦供血不足的癥狀。直立性低血壓的發(fā)病率占總?cè)丝诘?%，老年患者的33%。
主要分為：特發(fā)性(合并有自主神經(jīng)系統(tǒng)癥狀);繼發(fā)性(繼發(fā)各種神經(jīng)系統(tǒng)疾病);以及體位調(diào)節(jié)障礙(血管抑制性暈厥)，一般不合并膀胱和直腸功能障礙。
2.帕金森病 綜合過去的尸解結(jié)果，臨床診斷為原發(fā)性帕金森病的患者中，有5.1%～11%尸解證實為MSA。1995年Wenning報道英國帕金森病腦庫中370例生前有帕金森綜合征臨床表現(xiàn)的腦標本中，經(jīng)神經(jīng)病理學(xué)檢查35例符合MSA的病理診斷(9.5%)，這些患者的平均發(fā)病年齡為55歲，生前均表現(xiàn)為帕金森綜合征;自主神經(jīng)受累者占97%;小腦性共濟失調(diào)者占34%;有錐體束征者占54%;平均存活7.3年(2.1～11.5年)。提示在臨床診斷為特發(fā)性帕金森病的患者中，有將近10%的患者病理學(xué)檢查結(jié)果證實符合MSA的診斷標準。
3.另外注意與家族性O(shè)PCA、進行性核上性麻痹、皮質(zhì)基底核變性、伴有Lewy小體的癡呆等鑒別。