由于念珠菌是共棲菌，所以從痰、口腔、陰道、尿、糞便或皮膚培養(yǎng)出念珠菌并不一定表明已發(fā)生進(jìn)行性侵襲性念珠菌感染。診斷必須具有特征性的臨床病變，受侵組織的組織病理學(xué)證據(jù)，或排除其他病因。血，腦脊液，心包或心包積液，或活檢組織標(biāo)本的陽性培養(yǎng)是決定采取全身性治療必須的確診依據(jù)。組織標(biāo)本內(nèi)有典型的由酵母菌，假菌絲和/或菌絲所致的組織病理學(xué)征象也具有診斷價(jià)值。但常是推測(cè)性的開始治療。雖然目前已開展了各種檢測(cè)抗體或抗原的血清學(xué)方法，但沒有一種具有足夠的特異性和敏感性可用于嚴(yán)重病人的快速診斷或排除診斷。

1、念珠茁性陰道炎應(yīng)與滴蟲性陰道炎鑒別：后者主要表現(xiàn)為陰道分泌物增多，為黃白色或黃綠色泡沫狀分泌物，帶有臭味，伴有劇癢，直接鏡檢可查到活動(dòng)的毛滴蟲，或涂片染色法可查到毛滴蟲體的蟲體。
2、口腔粘膜念珠菌病應(yīng)與，腔粘膜臺(tái)斑病、扁平苔蘚、二期梅毒鑒別：
(1)口腔扁平苔蘚：損害常見于頰粘膜后側(cè)、舌腹側(cè)、舌背、齒齦、腭部及咽喉部，皮損為樹枝狀或網(wǎng)狀銀白色細(xì)紋及小丘疹，對(duì)稱分布，口唇部可有輕度糜爛、滲出，有明顯的粘著性鱗肩。真菌直接鏡檢為陰性。
(2)粘膜白斑?。憾嘁娪谥心昴行裕饕l(fā)生于頰、唇、舌粘膜、硬腭、齒齦等處。皮損為白色斑片，單發(fā)或多發(fā)，界限不清，邊緣稍隆起，無自覺癥狀。組織病理為上皮不典型增生，真菌直接鏡檢為陰性。
(3)二期梅毒：約1／3的二期梅毒息者可出現(xiàn)粘膜斑，皮損發(fā)生于唇及頰的內(nèi)側(cè)、舌、咽、扁桃體、喉部。主要表現(xiàn)為粘膜紅腫、糜爛，上覆灰白色滲出物，邊緣有一暗紅色暈，無自覺癥狀。粘膜斑內(nèi)含有大量的拇毒螺旋體。