1.避免誘因 首先必須控制廣譜抗生素的應用，避免通用，減少長期應用，確因病情需要難免長期應用者應間隔一定階段加用抗真菌藥物，以防腸道菌群失調(diào)導致條件致病性真菌過度生長。其他如對慢性病患者加強營養(yǎng)，提高機體抵抗力;慎用糖皮質(zhì)激素和免疫抑制藥;保護免疫功能低下患者口腔和腸道黏膜生理屏障的完整，減少創(chuàng)傷等均有助于防止真菌性腸炎的發(fā)生。
2.防止真菌污染，治療原發(fā)病灶 惡性腫瘤和血液病病房應保持通風良好和干燥，防止真菌滋生，增加外源性感染的機會。對于艾滋病和其他免疫功能抑制患者，及時發(fā)現(xiàn)和治療鵝口瘡及其他部位的真菌感染，以免繼發(fā)真菌性腸炎。對于行靜脈營養(yǎng)的患者，以及接受血管導管檢查和手術的患者，嚴格執(zhí)行無菌操作，防止真菌性醫(yī)院內(nèi)感染。
3.藥物預防　對于艾滋病患者、腸道手術和器官移植術患者等高危人群，可予短期足量或長期小劑量預防用藥。
(1)血液病和惡性腫瘤患者：制霉菌素每天200萬U口服，連用5～7天，可每月應用1次。
(2)艾滋病患者：氟康唑或伊曲康唑每天100～200mg口服，每月應用5～7天，或兩性霉菌素B每周100mg口服加制霉菌素懸液漱口，3次/d，長期堅持。
(3)器官移植和腸道手術患者：制霉菌素50萬U，3次/d，口服，或氟康唑每天200mg口服，于術前3天和術后7天連用。
(4)低體重新生兒或早產(chǎn)兒：氟康唑12.5mg/kg口服。連服4～8周，可預防新生兒念珠菌腸炎。
(5)預防復發(fā)：真菌性腸炎尤其是副球孢子菌腸炎治療后容易復發(fā)，在艾滋病患者和其他伴有免疫功能低下的慢性病患者更是如此。預防可用兩性霉素B 50mg，每周1次靜脈滴注，或伊曲康唑200mg，1次/d，口服，用藥期間每月常規(guī)查肝功能1～2次，注意藥物的毒副作用。