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常見的并發(fā)癥有：
1.潰瘍 Barrett食道引起潰瘍的發(fā)病率為2%～54%，食道柱狀上皮受酸性消化液腐蝕后可以發(fā)生潰瘍，出現(xiàn)類似胃潰瘍的癥狀，疼痛可放射至背部，并可引起穿孔、出血、浸潤、潰瘍愈合后發(fā)生狹窄，出現(xiàn)下咽不暢的癥狀。甚至可穿透主動脈導致大出血而迅速致死。Barrett潰瘍的病理分型有兩種，最為常見的為發(fā)生在鱗狀上皮段的淺表性潰瘍，這種類型與因反流性食道炎引起的潰瘍相似。另一種少見的為發(fā)生在柱狀上皮段的深大潰瘍，與消化性潰瘍相似。
2.狹窄 食道狹窄是Barrett食道最常見的并發(fā)癥，發(fā)生率為15%～100%。狹窄部位多于食道中上段的鱗-柱狀上皮交界處，而胃食道反流引起的狹窄多位于食道下段。反流性食道炎的發(fā)生率為29%～82%。病變可單獨累及柱狀上皮，也可同時累及鱗狀和柱狀上皮。
3.惡變 Barrett食道中發(fā)生癌腫的發(fā)生率不甚確切，長期反流物進入Barrett食道可能起惡變作用。但有研究認為Barrett食道病病人施行了抗反流手術亦不能使這些柱狀上皮消退，亦不減少惡變的危險性。Barrett食道的柱狀上皮區(qū)內可以發(fā)生異型增生，程度可自低度到高度，有時低度異型增生不易與正常柱狀上皮區(qū)別，高度異型增生與原位癌有時難予區(qū)別，并可進展至浸潤癌。這些惡變的腫瘤系腺癌。須要指出的是內鏡發(fā)現(xiàn)賁門腺癌伴有良性柱狀上皮與柱狀上皮異型增生為腺癌是有區(qū)別的。Barrett食道的異型增生是癌前期狀況已為多數(shù)人公認。
4.胃腸道出血 可表現(xiàn)為嘔血或便血，并伴有缺鐵性貧血，發(fā)生率約為45%，其出血來源為食道炎和食道潰瘍。