1.中毒性巨結(jié)腸 是嚴(yán)重并發(fā)癥。見于急性暴發(fā)型潰瘍性結(jié)腸炎及急性重癥型病人。其發(fā)生率約2%，常在服用可待因、苯乙哌啶以及阿托品等抗膽堿能藥物或服用瀉劑如蓖麻油后誘發(fā)，也可在對(duì)急性期或腹瀉嚴(yán)重病人行鋇劑灌腸檢查時(shí)誘發(fā)。擴(kuò)張結(jié)腸多在橫結(jié)腸和脾曲。病人出現(xiàn)間歇性高熱，精神萎糜呈重癥中毒狀態(tài)，腹部很快膨隆，有壓痛，腸鳴音減弱或消失。由于結(jié)腸快速擴(kuò)張，腸壁變薄，血運(yùn)障礙，易發(fā)生腸壞死穿孔，病死率極高，可達(dá)30%～50%。
2.結(jié)腸穿孔 多在中毒性巨結(jié)腸擴(kuò)張基礎(chǔ)上發(fā)生。穿孔后導(dǎo)致彌漫性腹膜炎或局限性膿腫，穿孔部位多在乙狀結(jié)腸或結(jié)腸脾曲處。患者多出現(xiàn)高熱及感染中毒癥狀，腹脹、左側(cè)腹部廣泛肌緊張。X線透視或平片檢查膈下常有游離氣體。
3.下消化道出血 直腸、結(jié)腸可廣泛滲血，絕大多數(shù)表現(xiàn)為血便、膿血便。國內(nèi)統(tǒng)計(jì)2077例的下消化道出血病例中，潰瘍性結(jié)腸炎占8.3%，有時(shí)少數(shù)病例(約占4%)可出現(xiàn)下消化道反復(fù)大出血，1次出血量很多，可達(dá)數(shù)千毫升，甚至出現(xiàn)休克，需緊急手術(shù)治療。
4.直、結(jié)腸癌 癌變發(fā)生率為0.7%～8%，甚至可高達(dá)13%，比一般人口高5～20倍。病程在10年以上、全結(jié)腸有廣泛病變以及青少年、兒童期發(fā)病者，其癌腫發(fā)病率明顯增高。癌腫可發(fā)生在全結(jié)腸的任何部位，5%～42%為多中心癌，且分化程度較低，多為低分化黏液癌，呈皮革狀浸潤(rùn)腸壁生長(zhǎng)，所以預(yù)后差。應(yīng)定期行腸鏡檢查，對(duì)整個(gè)結(jié)腸作多處活檢，以期盡早發(fā)現(xiàn)。
5.直腸和結(jié)腸絞窄，是晚期并發(fā)癥，但很少造成腸梗阻。
6.內(nèi)瘺 腸腔與腸腔或腸腔與其他空腔臟器(如膀胱、陰道等)互相粘連，形成內(nèi)瘺;腸腔與皮膚相通形成外瘺，雖較少，但偶有發(fā)生。
7.肛門及肛周疾病 如肛裂、直腸周圍膿腫、肛瘺、痔脫出等。
8.其他系統(tǒng)并發(fā)癥 如非特異性關(guān)節(jié)炎、結(jié)節(jié)性紅斑、壞疽性膿皮病、虹膜炎、虹膜睫狀體炎、角膜炎、口炎及腮腺炎，以及脂肪肝、小膽管周圍炎等。