2015年，廣東省疾病預(yù)防控制中心和廣東省公共衛(wèi)生研究院首次報道了一種以前較少發(fā)現(xiàn)的諾如病毒GII.17取代了GII.4，成為了暴發(fā)腹瀉疫情中的主要致病病原(Lu,etal.,EmergInfectDis.2015Jul;21(7):1240-2)。2014-2015年冬季，GII.17在廣東省共引起報告病例數(shù)20例以上的諾如暴發(fā)疫情24起，臨床確診病例2,340人次，不足20例的疫情接近百起。無論是暴發(fā)次數(shù)、暴發(fā)區(qū)域及感染人數(shù)都較過去流行的GII.4顯著增加。病毒基因分型數(shù)據(jù)顯示廣東省內(nèi)的GII.17諾如病毒，區(qū)別于以前其他地方報道的GII.17病毒，是該基因型的一種新的變異株。在此次報道后，國內(nèi)江蘇、北京以及美國、日本、意大利、英國等地都相繼報道了新型GII.17的感染病例，顯示該病毒已經(jīng)在世界范圍內(nèi)快速擴散流行。由于GII.17過去較為罕見，我們對該病毒的來源、進化以及傳播流行方式都不清楚。

 

近期，廣東省公共衛(wèi)生研究院陸靖研究員結(jié)合諾如病毒的時鐘序列及相應(yīng)的地理信息進一步對諾如病毒GII.17進行了全球范圍的病毒進化及2014-2015年流行的新型GII.17在廣東省內(nèi)病毒傳播模型的研究。相關(guān)研究成果發(fā)表在國際傳染病雜志（JournalofInfectiousDiseases）上（Lu,etal.,JournalofInfectiousDisease.201615;214(4):556-64）。研究結(jié)果發(fā)現(xiàn)此次暴發(fā)流行的GII.17病毒最有可能由2001年非洲流行的GII.17病毒進化而來，病毒進化的速率為5.6x10-3substitutions/site/year。

 

相較于2013年以及之前發(fā)現(xiàn)的GII.17病毒，新型的GII.17病毒在主要的結(jié)構(gòu)蛋白VP1的P2domain上發(fā)生了一系列的氨基酸突變，這些位點包括病毒與宿主細胞上受體的結(jié)合位點以及病毒抗原性決定域等。這些序列的改變很可能是導(dǎo)致病毒突然暴發(fā)流行的主要原因。

 

結(jié)合新型GII.17病毒的地理信息和序列信息進行時鐘進化分析，分析結(jié)果顯示了該病毒可能的地理傳播模型：由香港地區(qū)向廣東省多個沿海城市（江門、廣州、珠海、潮州等）傳播。結(jié)合環(huán)境監(jiān)測結(jié)果，推測該病毒很可能通過咸潮污染沿海城市海產(chǎn)品，進而導(dǎo)致病毒感染在多個沿海城市的暴發(fā)流行，并由此向內(nèi)陸省份傳播。

 

本文第一作者為廣東省公共衛(wèi)生研究院陸靖研究員，通訊作者為廣東省疾病預(yù)防控制中心的李暉和牛津大學的OliverPybus教授。該研究得到國家留學基金委和國家自然科學基金的資助。

 

TheEvolutionandTransmissionofEpidemicGII.17Noroviruses

 

JingLu1,2,3,LinFang1,HuanyingZheng1,JiaqianLao1,FenYang1,LimeiSun1,JianpengXiao2,JinyanLin1,TieSong1,TaoNi4,JaynaRaghwani3,ChangwenKe1,NunoR.Faria3,ThomasA.Bowden4,OliverG.Pybus3*,HuiLi1*

 

Abstract

 

Background：Inrecentdecades,theGII.4norovirusgenotypehaspredominatedinepidemicsworldwideandbeenassociatedwitharaisedevolutionaryrate.In2014,anovelGII.17variantemergedandpersisted,causinglargeoutbreaksofgastroenteritisinChinaandsporadicinfectionsglobally.Theorigin,evolutionandtransmissionhistoryofthisnewvariantarelargelyunknown.

 

Methods：Wegenerated103fullcapsidand8wholegenomesequencesofGII.17strainscollectedbetweenAugust2013andNovember2015inGuangdong,China.PhylogeneticanalyseswereperformedbyintegratingourdatawithallpublicallyavailableGII.17sequences.

 

Results：ThenovelemergentlineageGII.17_Kawasaki_2014mostlikelyoriginatedfromAfricaaround2001andevolvedat5.6×10-3substitutions/site/year.Withinthislineage,anewvariantcontainingseveralimportantaminoacidchangesemergedaroundAugust2013andcausedextensiveepidemicsin2014-2015.ThephylodynamicandepidemichistoryoftheGII.17_KawasakilineageshowssimilaritieswiththepatternobservedforGII.4norovirusevolution.VirusmovementsfromHongKongtoneighboringcoastalcitieswerefrequentlyobserved.

 

Conclusions：OurresultsprovidenewinsightsintoGII.17norovirusevolutionandtransmissionandhighlightthepotentialforararenorovirusgenotypetorapidlyreplaceexistingstrainsandcauselocalepidemics.