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加拿大團(tuán)隊(duì)開發(fā)出基于NGS平臺的丙型肝炎病毒基因分型及耐藥檢測

2018-07-20 來源：中國病毒學(xué)論壇  標(biāo)簽： 掌上醫(yī)生 喝茶減肥 一天瘦一斤 安全減肥 cps聯(lián)盟 美容護(hù)膚
摘要：據(jù)英屬哥倫比亞大學(xué)艾滋病毒卓越教學(xué)中心的負(fù)責(zé)人安妮塔·豪爾介紹，目前，加拿大的患者均可免費(fèi)進(jìn)行該檢測，但豪爾表示，她希望加拿大衛(wèi)生機(jī)構(gòu)最終能夠覆蓋該檢測，她估計檢測約需270美元。研究團(tuán)隊(duì)正在努力組建相關(guān)的國際聯(lián)盟，并建立丙型肝炎病毒耐藥變種數(shù)據(jù)庫，以針對耐藥菌株的增加采取對策。

 日前，英屬哥倫比亞大學(xué)（以下簡稱英屬哥大）卓越教學(xué)中心的研究人員開發(fā)了一種基于高通量測序的丙型肝炎病毒檢測方法，該方法可鑒定產(chǎn)生耐藥的病毒變種。研究人員表示，該檢測方法還可進(jìn)行病毒分型，是PCR、雜交和基于Sanger平臺檢測技術(shù)的有力補(bǔ)充。與傳統(tǒng)檢測方法，基于NGS的檢測方法具有更佳的檢測范圍及堿基分辨率。

 
據(jù)英屬哥倫比亞大學(xué)艾滋病毒卓越教學(xué)中心的負(fù)責(zé)人安妮塔·豪爾介紹，目前，加拿大的患者均可免費(fèi)進(jìn)行該檢測，但豪爾表示，她希望加拿大衛(wèi)生機(jī)構(gòu)最終能夠覆蓋該檢測，她估計檢測約需270美元。研究團(tuán)隊(duì)正在努力組建相關(guān)的國際聯(lián)盟，并建立丙型肝炎病毒耐藥變種數(shù)據(jù)庫，以針對耐藥菌株的增加采取對策。
 
丙型肝炎的獨(dú)特之處在于90％至95％的長期感染者實(shí)際上是可以治愈的。然而，治療藥物比較昂貴，三個月的療程的費(fèi)用高達(dá)30000~50000美元。因此，對患者采用適宜的藥物雞尾酒療法至關(guān)重要。
 
此外，一些患者感染了天然耐藥的病毒株，如果在開始治療之前不知道這些基因信息，那么這些患者的治療將會以失敗告終，患者將繼續(xù)攜帶病毒，有著較高擴(kuò)散耐藥丙肝病毒的風(fēng)險。豪爾強(qiáng)調(diào)，通過實(shí)施耐藥檢測，不僅有希望將治愈率提高，還將阻止丙型肝炎耐藥株的傳播。
 
基于此，英屬哥大艾滋病毒卓越教學(xué)中心的研究人員開發(fā)了基因分型和耐藥檢測，對104堿基組成的丙型肝炎病毒基因組進(jìn)行完整測序。該檢測在IlluminaMiSeq平臺上進(jìn)行，此前研究人員已經(jīng)用Sanger測序檢測對特異性耐藥突變的兩個患者隊(duì)列進(jìn)行了驗(yàn)證。通過檢測一個包含70位患者的隊(duì)列的特異性耐藥突變，發(fā)現(xiàn)了一個針對藥物Olysio（辛伐他?。┠退幮缘耐蛔?。此外，該團(tuán)隊(duì)還進(jìn)一步在90位采用蛋白酶和NS5A抑制劑雞尾酒療法的患者體內(nèi)檢測到存在NS3/4A、NS5A和NS5B基因耐藥突變，進(jìn)一步驗(yàn)證了NGS檢測的準(zhǔn)確率。
 
檢測能夠同時鑒定丙型肝炎病毒基因分型。豪爾說，有七種不同的丙肝病毒基因型，大多數(shù)丙肝藥物都是基因型特異的。她表示：“如果你對錯誤的基因型使用錯誤的藥物，治療失敗的可能性就會很大。”
 
丙型肝炎病毒基因分型的標(biāo)準(zhǔn)方法是基于實(shí)時PCR方法。基因分型檢測通常僅分析104對堿基丙型肝炎病毒基因組的約100個堿基對。但是，由于丙型肝炎病毒的突變率如此之高，因此有時檢測會鑒定為不正確的基因型，或者無法鑒定基因型中的特定亞型。豪爾介紹，對整個丙型肝炎病毒基因組進(jìn)行測序可以改善基因分型。
 
對一位病人的傳統(tǒng)診斷檢查流程是，醫(yī)生首先進(jìn)行基因分型檢測，然后根據(jù)分型信息進(jìn)行耐藥檢測——只尋找與特定基因型相關(guān)的耐藥突變。所以如果基因分型檢測是錯誤的，那么基于Sanger檢測方法的耐藥檢測也將失敗，豪爾說。但是，通過對整個丙型肝炎病毒基因組測序，可同時收集基因分型和耐藥信息。
 
耐藥檢測也很重要，因?yàn)橛凶C據(jù)表明對存在耐藥突變的患者優(yōu)化治療策略可以增加治療成功的可能性。例如，對于某些耐藥突變，治療周期只需要增加到12周以上。她說：“延長治療周期有助于清除病毒的殘余部分。”
 
對于其他類型的耐藥突變，有證據(jù)表明，將藥物利巴韋林加入雞尾酒療法有增加治療效果的可能性。豪爾說添加利巴韋林的作用原理還不完全清楚，但是一個假說是利巴韋林有助于增強(qiáng)免疫系統(tǒng)。
 
對完整的丙型肝炎病毒基因組進(jìn)行測序的另一個優(yōu)點(diǎn)是，除了鑒定已知的耐藥突變外，同時也能夠鑒定潛在的新型耐藥突變。因此，研究人員也在努力開展國際合作來收集和共享數(shù)據(jù)。豪爾說，英屬哥大網(wǎng)站將作為構(gòu)建數(shù)據(jù)庫的中樞，目前正在努力搭建IT基礎(chǔ)設(shè)施，并確定數(shù)據(jù)分享和隱私協(xié)議等技術(shù)細(xì)節(jié)。數(shù)據(jù)庫將能夠支持NGS測序數(shù)據(jù)以及Sanger測序數(shù)據(jù)。此外，豪爾還表示，研究團(tuán)隊(duì)希望將相關(guān)知識，檢測標(biāo)準(zhǔn)流程和解讀資源輸出到其他國家，盡管她尚未制定具體的計劃。
 
豪爾介紹，目前在丙型肝炎病毒藥物仍高度有效時實(shí)施這樣一個方案，對確保藥物繼續(xù)以極高的比例治愈病人至關(guān)重要。5％~10％未被治愈的患者“將攜帶耐藥丙型肝炎病毒并繼續(xù)傳播病毒，只是這次是耐藥丙型肝炎病毒，而非野生型病毒，耐藥病毒感染的人數(shù)將隨著時間的推移而繼續(xù)擴(kuò)大”。
 
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